Zur Therapie eines Magengeschwürs werden in der Regel Medikamente eingesetzt. Eine Operation wird meist nur bei Komplikationen wie z. B. Blutungen durchgeführt. Ist die Ursache für das Magengeschwür eine Infektion mit dem Bakterium Helicobacter pylori kommt es in der Regel zum Einsatz der Eradikationstherapie. Dabei wird dem Betroffenen eine Kombination aus Antibiotika und säurereduzierenden Medikamenten wie z. B. Protonenhemmer, Histamin-Rezeptorenblocker oder Antazida verabreicht. Liegt der Grund für das Magengeschwür nicht an dem Bakterium, beschränkt sich die medikamentöse Therapie meist auf die säurereduzierenden Medikamente. Nur in seltenen Fällen kommt es zu einem Wiederauftreten eines Magengeschwürs.

Oft helfen bereits die vom Patienten beschriebenen Symptome dem Arzt bei der Diagnose eines Magengeschwürs. Der Arzt erhält Informationen über die Symptome, den Zeitpunkt und die Dauer ihres Auftretens in einem ausführlichen Arzt-Patienten-Gespräch, der sog. Anamnese. Zur Sicherung der Diagnose können weitere Untersuchungen anfallen. Dazu gehören z. B. eine Tastuntersuchung des Bauchraumes, Blutabnahme, Ultraschall- oder Röntgenuntersuchung. Um ein Magengeschwür von anderen Erkrankungen abzugrenzen, kann eine Magenspiegelung hilfreich sein. Dabei wird ein Endoskop, in dem eine Kamera integriert ist, durch den Rachen eingeführt. Der Arzt kann auf diese Weise den Magen von innen begutachten und bei eventuellen Auffälligkeiten eine Gewebeprobe entnehmen.

Bei einer stressbedingten Magenschleimhautenzündung oder einem stressbedingten Magengeschwür kommt es zu einer Blutung im Magen-/Darmbereich. Auslöser können neben Stress auch Krankheiten oder Unfälle sein. Eine vorbeugende Behandlung mit Medikamenten kann ratsam sein, da sich eine Therapie bei Blutungen als schwierig erweisen kann. Die Therapie eines Magengeschwürs erfolgt in der Regel durch Medikamente und das Weglassen von Faktoren die ein Magengeschwür fördern können, wie z. B. Nikotin oder bestimmte Medikamente. Maßnahmen, die die Therapie unterstützen können, sind unter anderem verschiedene Entspannungsverfahren sowie pflanzenheilkundliche Mittel. Dazu gehören z. B. Kamillenblüten und bestimmte Teezubereitungen.